El 14 de diciembre de 2020, el Reino Unido informó a la OMS respecto a la detección de una nueva cepa variante del SARS-CoV-2 mediante secuenciación genómica viral, la cual ha sido denominada SARS-CoV-2 VUI 202012/01 (por las siglas en inglés de: variante en investigación, año 2020, mes 12, variante 01).
Se han reportado hasta el 30 de diciembre de 2020 en el Reino Unido más de 3000 casos de
infección por el SARS-CoV-2 VUI 202012/01, particularmente en el sudeste de Inglaterra, a partir de la vigilancia epidemiológica que evidencio un incremento inusitado de la tasa de notificación de casos durante la semana epidemiológica 41 a la 50 (del 5 de octubre al 13 de diciembre de 2020). La mayoría de los casos de COVID-19 en los que se ha detectado esta variante corresponden a
personas menores de 60 años y los análisis iniciales indican que la variante puede propagarse más
fácilmente entre las personas. Para finales de diciembre la nueva variante VUI-202012/01 había sido detectada también en varios países, entre ellos Australia, Dinamarca, Italia, Islandia, España, los Países Bajos y Japón, para inicios del 2021 ya se ha reportado en cerca de 33 países.
Todos los virus, incluido el SARS-CoV-2, cambian con el tiempo, generan mutaciones, algunas sin
un beneficio directo para el virus en términos de aumentar su infecciosidad o transmisibilidad, sin
embargo, el potencial de mutación del virus aumenta con la frecuencia de infecciones en humanos
y animales. Los datos preliminares sugieren que la tasa de crecimiento y el número reproductivo
efectivo son elevados en áreas del Reino Unido con circulación comunitaria de la nueva variante
VOC-202012/01. En Sudáfrica, los datos genómicos destacaron que la variante 501Y.V2 desplazó
rápidamente a otros linajes circulantes, y los estudios preliminares sugieren que la variante está
asociada con una carga viral más alta, lo que puede sugerir un potencial de mayor transmisibilidad.
Por lo tanto, reducir la transmisión del SARS-CoV-2 mediante el uso de métodos establecidos de
control de enfermedades, así como evitar la introducción en poblaciones animales, son aspectos
críticos de la estrategia global para reducir la ocurrencia de mutaciones que tienen implicaciones
negativas para la salud pública. Se deben fortalecer aún más las prácticas de prevención, la
comunicación y alfabetización a la comunidad para mantener la adherencia a las precauciones para 2 Instituto Global de Excelencia Clínica protegerse a sí mismo y a los demás, como el distanciamiento físico, el uso de tapabocas de manera permanente, garantizar adecuada ventilación, evitar aglomeraciones y multitudes, lavarse las manos y mantener la limpieza y desinfección de las áreas y superficies. Además, deberían reforzarse las orientaciones y las medidas de prevención y control de infecciones en el ámbito de atención:
garantizando el uso adecuado y racional de los equipos de protección personal. Lavado de manos
frecuente, especialmente después del contacto directo con personas enfermas o su entorno.
Cumplimiento de la etiqueta al toser (mantenga la distancia, cúbrase la tos y los estornudos con
pañuelos desechables o ropa y lávese las manos). Garantizar adecuados sistemas de ventilación,
procesos de limpieza y desinfección particularmente en las áreas críticas donde se atienden
personas sospechosas y confirmadas.
Se requieren más investigaciones para comprender el impacto de mutaciones específicas en las
propiedades virales y la eficacia de los diagnósticos, el tratamiento y las vacunas. Estas
investigaciones son complejas y requieren tiempo y colaboración entre diferentes grupos de
investigación.
¿Qué es una mutación, una variante y como afecta la dinámica del SARS CoV2?
Una mutación es una alteración en el genoma del virus, que puede transmitirse a sus descendientes virales. Pocas semanas luego de la detección del SARS-CoV-2 en China, los investigadores comenzaron a analizar muestras virales y en enero de 2020 su secuencia genómica se hizo pública.
El SARS CoV 2 organiza su mensaje genético en una hebra de ARN. Ese mensaje está escrito en
cuatro letras, «a», «g», «c», «u» (adenina, guanina, citosina y uracilo, respectivamente). Cada una de
ellas es un nucleótido y cada grupo de tres corresponde a uno de los aminoácidos diferentes usados para construir una proteína. La comparación de la composición de nucleótidos en el gen de un virus con el orden de los nucleótidos de otro gen puede demostrar ciertas variaciones entre los dos virus. El orden de las letras, en una palabra, determina qué mensaje se transmite, en el caso de un virus, el orden de las letras contiene las instrucciones para que el virus pueda replicarse o copiarse a sí mismo, lo cual puede generar mutaciones o errores en la secuencia de letras. El SARS CoV2 cambia más lentamente, probablemente debido a que poseen una enzima de ‘corrección de pruebas’ que corrige errores cuando el coronavirus se está copiando evitando que se generen alteraciones que puedan afectar su viabilidad.
El SARS-CoV-2 se une a las células humanas a través de la Proteína S que se localiza en la envoltura
del virus, usando la proteína ACE2 (Enzima convertidora de angiotensina 2), la cual está situada en
la superficie de las células del tracto respiratorio y de varios órganos. Es así como la proteína S
encaja en la ACE2 como una llave en una cerradura. Una vez dentro utiliza la maquinaria celular
para producir entre 10.000 y 100.000 copias de sí mismo que se lanzan a infectar nuevas células.
A medida que la célula copia ese genoma, tiene la posibilidad de cometer errores o mutaciones que pueden modificar sitios de suma importancia para invasión viral como la proteína S.
A pesar de la lenta tasa de mutación del virus, los investigadores han catalogado más de 12.000
mutaciones en los genomas del SARS-CoV-2. Los científicos pueden detectar mutaciones muy
rápido, sin embargo, requieren mucho más tiempo para comprender sus implicaciones en la dinámica de transmisión viral y su impacto clínico. Muchas mutaciones no tendrán consecuencias en la capacidad del virus para propagarse o causar enfermedades, porque no alteran la forma de una proteína, mientras que aquellas mutaciones que cambian proteínas tienen más probabilidades de dañar el virus.
La nueva variante SARS-CoV-2 VUI-202012/01 o linaje B.1.1.7, lleva una cantidad inusualmente
grande de mutaciones. La acumulación de 14 mutaciones de aminoácidos específicos (que dan lugar a varios cambios en los componentes básicos de las proteínas, los aminoácidos y a tres deleciones o fragmentos faltantes del código genético), no tienen precedentes hasta la fecha en los datos genómicos globales. La mayoría de las ramas del árbol filogenético global del SARS-CoV-2 no muestran más que unas pocas mutaciones y las mutaciones se acumulan a un ritmo relativamente constante a lo largo del tiempo, a una tasa de aproximadamente 1-2 mutaciones por mes.
Las mutaciones pueden generar cambios en la proteína S, que es la clave de ingreso del virus a las
células humanas. Algunas de estas mutaciones pueden influir en la transmisibilidad del virus en los
humanos:
Una de las mutaciones identificadas (N501Y), está alterando un aminoácido en los seis
residuos clave de lo que se llama el dominio de unión al receptor en la proteína S,
específicamente en la posición 501, donde el aminoácido asparagina (N) ha sido
reemplazado por tirosina (Y). Está mutación se relaciona con una afinidad de unión creciente
al receptor de la ECA2, la cual ha sido notificada de manera independiente en varios países,
entre ellos Sudáfrica y Australia.
La deleción en los sitios 69-70 de la proteína S, se asocia a un cambio conformacional y se
ha descrito en el contexto de la evasión de la respuesta inmune humana, pero también se
asocia con otros cambios del dominio de unión al receptor. La deleción del gen S en las
posiciones genómicas 21765-21770, correspondiente a los residuos 69-70 en la proteína de
pico en la variante VUC 202012/01 y otras variantes que portan esta mutación, como
variantes relacionadas con el visón de Dinamarca, lo que puede provocar que algunos
ensayos de RT-PCR que se dirigen al gen S produzcan un resultado negativo (por ausencia
del gen S). Se ha informado en el Reino Unido que puede verse afectado el ensayo tritarget
(ORF1ab, N, S) COVID-19 TaqPath de Thermo.
La mutación P681H es inmediatamente adyacente al sitio de escisión de la furina, un sitio
fundamental unión en el dominio de unión al receptor, lo que puede aumentar su afinidad.
¿Está relacionada con la variante de Sudáfrica?
La variante encontrada en Sudáfrica, que tiene una de las mismas mutaciones, también es motivo
de preocupación. Comparte la misma mutación en la proteína de pico (N501Y) pero ha surgido por
separado. Hay fuertes sospechas de que ambas variantes se estén propagando más rápido de lo
esperado, pero esto aún no está claro.
¿Cuál es el origen de esta variante?
No se conoce con precisión el origen de esta variante, se ha sugerido la hipótesis que puede haber
sido el resultado de la evolución del virus en un individuo infectado crónicamente, lo que permitió que el virus se replicara durante un período de tiempo mucho más largo de lo habitual y reuniera muchas mutaciones. Estudios de pacientes con estados de inmusupresión o inmunodeficiencia usualmente pueden cursar con infecciones crónicas por SARS-CoV-2, que permiten la detección de ARN de SARS-CoV-2 durante periodos más prolongados, incluso mayores a 4 meses. En tales
circunstancias de infección crónica en pacientes con una respuesta inmune debilitada, se espera que la dinámica evolutiva y las presiones selectivas sobre la población de virus generen circunstancias adecuadas para la rápida fijación de múltiples cambios genéticos del virus.
¿Qué implicaciones tiene esta nueva variante?
Según los informes preliminares procedentes del Reino Unido y la revisión de la evidencia realizada por el Grupo Asesor de Amenazas de Virus Respiratorios Nuevos y Emergentes del Reino Unido (NERVTAG) en su informe del 18 de diciembre, se considera que la tasa de transmisión de la variante VUI 202012/01 era del 71% (IC 95%: 67 % – 75%) mayor que para otras variantes, lo que añade 0,4 al número básico de reproducción R0 y lo sitúa en un rango de 1,5 a 1,7; y que también puede tener una carga viral más alta. No hay evidencia de que VOC 202012/01 produzca una enfermedad más grave que otras variantes del SARS-CoV-2. Sin embargo, un reciente estudio realizado por el Centro de Modelamiento Matemático de Enfermedades infecciosas de London School of Hygiene and Tropical Medicine, publico los datos de un modelo matemático de la transmisión del SARS-CoV-2en las tres regiones del NHS de Inglaterra más afectadas (Sureste, Este de Inglaterra y Londres), estimando que VUI 202012/01 es un 56% más transmisible que las variantes preexistentes de SARSCoV-2. No se documentó que genere una enfermedad mayor con respecto a las variantes preexistentes. No obstante, es probable que el aumento de la transmisibilidad conduzca a un gran aumento de la incidencia, y se prevé que las hospitalizaciones y muertes por COVID-19 alcancen niveles más altos en 2021 que los observados en 2020, incluso si se mantienen las restricciones regionales por niveles implementadas antes del 19 de diciembre. Las estimaciones sugieren que es poco probable que las medidas de control de un rigor similar al bloqueo nacional implementado en Inglaterra en noviembre de 2020 reduzcan el número de reproducción efectiva Rt a menos de 1, a menos que las escuelas primarias, secundarias y universidades también estén cerradas. Puede ser necesario acelerar enormemente el despliegue de la vacuna para tener un impacto apreciable en la supresión de la carga de morbilidad resultante
¿Existe evidencia de otras mutaciones previamente?
Ya existe evidencia de que una mutación D614G, ha surgido como producto de selección natural y
tiene la propiedad de propagarse más rápidamente. D614G, significa que en la posición del
aminoácido 614 de la proteína S, el aminoácido aspartato (D en la abreviatura bioquímica) se
reemplaza regularmente por glicina (G) debido a una falla de copia que alteró un solo nucleótido en el código de ARN, las variantes de G614 se propagan más rápidamente en las células epiteliales
respiratorias humanas, superando a los virus D614. También hay evidencia de que la variante G614 se propaga más rápidamente que los virus sin la mutación y se ha convertido rápidamente en el linaje dominante del SARS-CoV-2 en Europa, luego se había afianzado en los Estados Unidos, Canadá, Australia y ahora es predominante a nivel global.
En agosto y septiembre de 2020, una variante del SARS-CoV-2 vinculada a la infección entre visones de granja y posteriormente transmitido a los humanos, se identificó en el norte de Jutlandia, Dinamarca. La variante, denominada variante «Cluster 5» por las autoridades danesas, tiene una combinación de mutaciones no observadas anteriormente. Debido a los estudios preliminares realizados en Dinamarca, existe la preocupación de que esta variante pueda resultar en unareducción de la neutralización del virus en humanos, lo que potencialmente podría disminuir la extensión y duración de la protección inmunológica después de una infección natural o vacunación.
Se están realizando estudios para evaluar la neutralización del virus entre humanos con esta
variante. Hasta la fecha, luego de una extensa investigación y vigilancia, las autoridades danesas
han identificado solo 12 casos humanos de la variante del Clúster 5 en septiembre de 2020, y no
parece haberse extendido ampliamente. Similares se han venido reportando varias mutaciones con una significancia todavía no suficientemente clara desde el punto de vista clínico o de dinámica viral.
¿Seguirá funcionando la vacuna?
La nueva variante tiene mutaciones en la proteína S, el sitio blanco al que se dirigen las tres
principales vacunas disponibles.
